Elazığ yöresinde tüberkülozlu hastaların balgam örneklerinde mikobakteri tür dağılımının PCR-RFLP yöntemi ile belirlenmesi - Ağaçayak, Ahmet; Bulut, Yasemin; Seyrek, Adnan (My University, 2007)
Bu çalışmada, Elazığ yöresindeki tüberküloz olgularından alınan balgam örneklerinde Mycobacterium türlerinin PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) yöntemi kullanılarak belirlenmesi amaçlanmıştır. Elazığ Verem Savaş Dispanseri'nde kültür pozitifliği ile tüberküloz tanısı konulmuş toplam 60 (32 erkek, 28 kadın) hastanın balgam örneklerinden izole edilen DNA'lar, mikobakterilerin 65 kDa proteinini kodlayan gen bölgesine ait primerler (birinci aşamada: TB1; 5'-GAG ATC GAC TGG AGG ATC C-3' ve TB2; 5'-AGC TGC AGC CCA AAG GTG TT- 3', ikinci aşamada: TB1 ve TB3; 5'-GTG TTG GAC TCC TCG ACG GT-3') kullanılarak iki adımlı (seminested) PCR ile çoğaltılmıştır. Çalışmada, hsp65 gen bölgesine göre 51 (%85) balgam örneği pozitif olarak saptanırken dokuz (%15) örnek tanımlanamamıştır. Bu PCR ürünlerinin Hae\\\\\\ enzimiyle kesim deneyi sonunda, 52 örneğin 44'ü (%86.3) M.tuberculosis kompleksi, dördü (%7.8) M.scmfulaceum, ikisi (%3.9) M.avium ve biri (%1.9) M.intracellulare olarak tanımlanmıştır. M.tuberculosis kompleks türlerinin ayırt edilebilmesi için ise, 44 DNA örneğinden gyrB gen bölgesi özgül primerler (MTUB-f; 5'-TCG GAC GCG TAT GCG ATA TC-3' ve MTUB-r; 5'-ACA TAC AGT TCG GAC TTG CG-3') ile çoğaltılmış ve ürünlerin Rsa\\ ve Taq\\ enzimleriyle kesimi sonunda, örneklerin 34'ünün (%77.3) M.tuberculosis, sekizinin (%18.2) M.bovis, birinin (%2.3) M.microti ve birinin (%2.3) de M.africanum olduğu belirlenmiştir. Çalışmamızın verileri, yöremizde tüberküloz etkeni olarak en az yedi farklı mikobakteri türünün varlığını ortaya koymuştur. Sonuç olarak, ülkemizin tüm bölgelerindeki tür dağılımının moleküler yöntemlerle belirlenmesinin ve bunların antitüberküloz ilaçlara direnç durumlarının bilinmesinin tüberküloz ile savaşta başarılı olabilmek için gerekli olduğu düşünülmüştür.
Keywords: Polimeraz zincir reaksiyonu; Balgam; Tüberküloz; Elazığ; Polimorfizm; kesim parçacığı uzunluk; Mycobacterium; Mycobacteriaceae