SAKIZ, AKKARAMAN VE İVESİ IRKI KOYUNLARDA PROLAKTİN RESEPTÖR (PRLR) GENİ POLİMORFİZMİ

Abstract

Bu çalışma, Türkiye yerli koyun ırklarından Sakız, Akkaraman ve İvesi´lerde prolaktin reseptör (PRLR) geninin polimorfizmlerinin incelenmesi amacıyla yapılmıştır. Araştırmada, her ırktan 50 baş olmak üzere toplam 150 baş koyundan alınan kan örnekleri kullanılmıştır. Kan örnekleri fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi ile DNA izolasyonunu takiben, örneklere dört primer çifti kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR: Polymerase Chain Reaction) gerçekleştirilmiştir. Sonrasında, DNA dizi analizi primer A (intron 1) için 100, primer 3 (ekzon 10) için ise 100 örnek olmak üzere toplam 200 örneğe uygulanmıştır. Primer A için örneklerin tamamında 6 farklı haplotip belirlenmiş olup, Akkaraman ırkı için en fazla haplotip 2 gözlenirken, İvesi ırkı için en fazla haplotip 4 belirlenmiştir. Sakız ırkı için ise en fazla gözlenen haplotip 6 olmuştur. Primer 3 için ise referans dizi hariç 7 farklı haplotip tespit edilmiştir. Bu haplotiplerden; Sakız ırkı için en çok haplotip 5, Akkaraman ve İvesi Irkları için en çok haplotip 3 bulunmuştur. Akkaraman ve İvesi ırkında ise haplotip 4-8 saptanmamıştır. Primer 3 için tespit edilen varyasyonlar; A14T Gln --> Leu; G160A Asp -->Asn; G166A Glu-->Lys; A167T Glu-->Val; A176T His--> Leu; G206A Ser --> Asn ; G208A Gly-->Arg; amino asit değişimine yol açarken; A2T, A81G, A138G, C186T, T207C ise herhangi bir amino asit değişimi yapmamıştır.Sonuç olarak, bu araştırmada Sakız, Akkaraman ve İvesi ırkı koyunlarda PRLR geninin primer A ve primer 3 için hem ırklar arası hem de ırk içinde polimorfik olduğu ortaya konulmuştur. Özellikle tespit edilen haplotipler bakımından hem primer A hem de primer 3 için Akkaraman ve İvesi ırkının birbirlerine benzediği, Sakız ırkının ise daha farklı bir varyasyona sahip olduğu gözlenmiştir.The objective of the present study was to determine the polymorphism in prolactine receptor (PRLR) gene in Chios, Akkaraman and Awassi which are native sheep breeds in Turkey. Fifty blood samples for each of Chios, Akkaraman, and Awassi ewes, with a total of 150 samples were used. Following the DNA isolation by phenol-chloroform extraction method PRLR gene was amplified by polymerase chain reaction (PCR) by using four primer pair. Then, a total of 200 amplicons (100 for primer A (intron 1) and 100 for primer 3 (exon 10) were subjected to DNA sequence analysis. For primer A, 6 different haplotypes were determined. The most common haplotypes were haplotype 2 for Akkaraman, and haplotype 4 for Awassi. The most common haplotype determined in Chios breed was haplotype 6. For Primer 3, 7 different haplotypes (except for reference haplotype) were obtained. The most common haplotype was haplotype 5 for Chios breed and haplotype 3 for Akkaraman and Awassi. Haplotype 4-8 were not detected in either Akkaraman and Awassi breeds. Variations determined for primer 3 which were A14T Gln --> Leu; G160A Asp -->Asn; G166A Glu-->Lys; A167T Glu-->Val; A176T His--> Leu; G206A Ser --> Asn ; G208A Gly-->Arg led to changes in amino acids, but no changes for amino acid in A2T, A81G, A138G, C186T, T207C was determined.As a result, both inbreed and interbreed variations for PRLR gene polymorphisms were found in Chios, Akkaraman, and Awassi ewes as detected by primer A and primer 3. It was particularly noted that Akkaraman and Awassi were similar to each other in terms of both primer A and primer 3 haplotypes whereas Chios breed had a different variation.