DNA dizilerinin De Bruijn grafları ile incelenmesi

Abstract

Genel olarak DNA verisi olarak adlandırılan genetik veriler biyoinformatiğin en temel konularından birini teşkil etmektedir. Bu verilerin gösterimi yapılırken çeşitli dizilime yöntemleri kullanılmaktadır. Bu bildiride bu dizileme yöntemlerine değinilecek ve De Bruijn grafları kullanılarak basit DNA verileri üzerinde baştan kısa okuma dönüşümünün (de novo short read assembly) nasıl yapıldığı gösterilecektir.

The purpose of this study is to analysis the genetics data, in general named as DNA, which is the very main issue of bioinformatics. It is aimed to use the methods of various sequencing to demonstrate the aforementioned data. In this study, it will be mentioned about the methods of sequencing and will be used “De Bruijn Graphs” to show how to read the de novo short read assembly on the DNA data.