ÇOK AMAÇLI GENETİK ALGORİTMALARLA ÇOKLU DİZİ HİZALAMA

Abstract

Çoklu dizi hizalama moleküler biyoloji ve biyoinformatikte önemli bir problemdir. Bu tezde biyolojik dizilerin çoklu hizalanması genetik algoritma yardımıyla gerçekleştirilmiştir. Biyolojik diziler üzerinde işlem yapan birçok yöntem bulunmaktadır. Bu yöntemlerin birçoğu tek bir amaca ulaşmak için çalışmaktadırlar. Bazı problemlerde birden fazla amacı gerçekleştirmek gerekir. Bu gibi durumlarda tek amacı optimize eden yöntemler istenilen sonucu vermez.Bu tezde önerilen yöntem çoklu dizi hizalamayı birden fazla amaç kullanarak gerçekleştirmektedir. Yöntem daha önce geliştirilmiş yöntemlerden bu açıdan farklılık göstermektedir. Geliştirilen bu algoritma iki amaç parametresine bağlı en iyi çözüm kümesini sunmaktadır. Bu amaçlar benzerlik ve hizalama uzunluğudur. BALIBASE veritabanı üzerinde yapılan deneysel sonuçlar, önerilen yöntemin yaygın olarak kullanılan diğer yaklaşımları ClustalW ve SAGA ile karşılaştırıldığında etkili çözümler verdiği gösterilmiştir.Anahtar Kelimeler: Çoklu dizi hizalama, çok amaçlı genetik algoritma, biyoinformatik.

Multiple sequence alignment is an important problem in molecular biology and bioinformatics. Multiple alignment of biological sequences using genetic algorithm was carried out in this thesis. There are many methods that operate on biological sequences. Many of these methods work to achieve a single purpose. Some problems need to perform more than one purpose. In such cases, methods are desired to optimize the sole purpose of this feature.In this thesis, using the proposed method performs more than one purpose multiple sequence alignment. The method in this respect are different from the methods developed previously. This algorithm was developed with two objectives depend on the parameter set offers the best solution. These are similarity and alignment lenght. The experimental results conducted on BALIBASE demonstrated that with repect to proposed method gives the effective solutions two well known other methods, ClustalW and SAGA.Keywords: Multiple sequence alignment, multi-objective genetic algorithm and bioinformatics.