INVESTIGATION OF ANTIMICROBIAL SENSITIVITY AND ANTIBIOTIC RESISTANCE GENES OF E.COLI STRAINS ISOLATED FROM DUHOK (IRAQ) REGION BY MOLECULAR METHODS

Abstract

Bu çalışmada, Mart 2021'den Eylül 2021'e tarihine kadar olan bir süre içinde Irak'taki Duhok ve Zakho adlı şehirlerdeki üç büyük hastaneden 365 adet E. koli IYE (İdrar Yolları Enfeksiyonu) izolatı klinik vakalardan bir araya getirilmiştir. Toplanan E. koli izolatlarının türlerini tespit etmek amacıyla 43 tane biyokimyasal test uygulamaya koyuldu. Bunlardan 205 adedi (%56.16'sı) erkek hastalardan, 165 adedi (%43.83'ü) kadın hastalardan izole edildi. 100 adet E. coli izolatı (Duhok ve Zakho ilçelerinin her ikisi de dâhil olmak üzere) rastgele seçildi ve bu izolatlar antibiyotik duyarlılık testine tabi tutuldu. Test edilen izolatların birçoğu antibiyotiğe yüksek düzeyde direnç gösterdi. Mevcut olan tüm antimikrobiyal ajanlar arasında en güçlü olanın İmipenem olduğu tespit edilirken, Ampcillin, Gentamicin, Amikacin ve Nalidiksik asitin bu izolatlar üzerinde en az etkiye sahip olduğu gözlemlendi. Bu seçilen izolatlardan iki yöntem kullanılarak genomik DNA ekstrakte edildi. 100 adet izolat, ticari bir kit aracılığı ile ekstrakte edildi; ticari kit kullanılarak ekstrakte edilen genomik DNA konsantrasyonunun ortalaması 1.8 saflık ile 115.25ng/µl düzeyindeydi. Bu izolatların tümünün genomunun E. koli olduğunu doğrulamak için yaklaşık olarak 657 baz çifti moleküler ağırlığa sahip tüm suşlarda türe özgü gen olarak uidA'nın tek bir bandını üreterek başarılı bir şekilde amplifiye edildi. Elde edilen sonuçlara göre, virülans ve antibiyotik direnci ile ilgili Pai ve hyl genlerin bu izolatlardan 10 tanesinde (%28) test edilmiş herhangi bir belirteçten yoksun olduğunu ortaya çıkardı. Pai geni, patojenite adasının varlığı için belirteç olarak %75 oran ile diğer tüm virülans belirteçleri arasında en baskın olan belirteçtir ve bunu yüzde 69'luk bir oran ile hyl geni takip etmektedir.

In this study, 365 E. coli UTI infection isolates were collected from clinical cases from three major hospitals in Duhok and Zakho / Iraq during the period from March 2021 to September 2021. 43 biochemical tests were performed to identify the species of E. coli isolates collected. 205 (56.16%) of these were isolated from male patients and 165 (43.83%) from female patients. 100 E. coli isolates were randomly selected and subjected to antibiotic susceptibility testing. Many of those tested showed high levels of resistance to the antibiotic. Of all the antimicrobial agents, imipenem was detected to be the strongest, while Ampcillin, Gentamicin, Amikacin, and Nalidixic acid had the least effect on these isolates. Genomic DNA was extracted from these selected isolates using two methods. One hundred isolates were extracted with a commercial kit, with an average of the concentration of genomic DNA extracted using the commercial kit at 115.25ng/µl with a purity of 1.8. To confirm that the genome of all these isolates is E. coli, all strains with a molecular weight of approximately 657 bp were successfully amplified, producing a single band of uidA as the species-specific gene. The results revealed that Pai and hyl genes related to virulence and antibiotic resistance were absent from any of the tested markers in 10 (28%) of these isolates. As a marker for the presence of a pathogenicity island, the Pai gene is the most dominant marker among all other virulence markers with 75%, followed by the hyl gene with 69 percent.